Entre 1797 y 1814, durante la ocupación francesa de Roma, el convento fue utilizado como cuartel de infantería, lo que provocó serios daños. En 1810, hubo cambios debido a la supresión de órdenes religiosas y los frailes se vieron obligados a abandonar su convento y dispersarse. Lograron regresar en 1825.
Totalmente desposeídos en 1871 por el Estado italiano, actual propietario del convento, los frailes solo pudieron obtener la autorización para regresar en 1929 y utilizar ciertas partes para oficiar en la basílica.
Convento y Studium
En 1288, el componente teológico del plan de estudios provincial para la educación de los frailes se trasladó del studium provinciale en la Basílica romana de Santa Sabina al studium conventuale en Santa María sopra Minerva, que fue redesignado como studium particularis theologiae. En diferentes momentos de su historia, este studium sirvió como studium generale para la provincia romana de la Orden.
Oficinas de la Inquisición
El 14 de septiembre de 1628, por proclamación papal, el convento de Minerva fue asignado como sede de la Congregación del Santo Oficio. De esta manera, se convirtió en el lugar donde el tribunal de la Inquisición romana, establecido por Pablo III en 1542, celebró las reuniones de la Congregación Secreta durante las cuales se leían las sentencias.
Fue en una sala del Convento de Minerva, el 22 de junio de 1633, donde el padre de la astronomía moderna, Galileo Galilei, tras ser juzgado por herejía, abjuró de sus tesis científicas en apoyo de la teoría copernicana.
A finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, la supresión de las órdenes religiosas obstaculizó la misión de la Orden y el Colegio de Santo Tomás. Durante la ocupación francesa de Roma de 1797 a 1814, el Colegio declinó y de hecho cerró brevemente sus puertas de 1810 a 1815. La Orden recuperó el control del convento nuevamente en 1815, solo para ser expropiado por el gobierno italiano en 1870.
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Interior
Entre varias importantes obras de arte dentro de la iglesia se encuentra la estatua de Miguel Ángel, Cristo della Minerva (1521) y el ciclo de frescos de finales del siglo XV (1488–93) en la Capilla Carafa de Filippino Lippi. La basílica también alberga numerosos monumentos funerarios, incluyendo las tumbas de la Doctora de la Iglesia; Santa Catalina de Siena (1347-1380), quien formaba parte de la Tercera Orden de Santo Domingo; el fraile dominico Beato Juan de Fiésole (Fra Giovanni da Fiesole, nacido Guido di Piero) mejor conocido como Fra Angelico (c. 1395-1455); y monumentos ornamentados a los papas Medici: León X (nacido Giovanni de Medici, c. 1475-1521) y Clemente VII (nacido Giulio de Medici, c. 1478-1534), diseñados por Baccio Bandinelli.
Capilla Carafa
La Capilla Carafa, con frescos de finales del siglo XV (1488–1493) de Filippino Lippi, fue encargada por el cardenal Oliviero Carafa en honor a Santo Tomás de Aquino. Hay dos escenas marianas, la Anunciación y la Asunción; sobre el altar está su San Tomás mostrando al cardenal Carafa a la Virgen María, y en la pared derecha su Gloria de Santo Tomás. Fue presentada en 1493, y también se conoce como la Capilla de Santo Tomás de Aquino.
Las reliquias de Santo Tomás de Aquino se guardaron en esta capilla hasta 1511, cuando fueron trasladadas a Nápoles. Diseñada por Pirro Ligorio en 1559, la tumba de Gian Pietro Carafa, quien se convirtió en el Papa Pablo IV en 1555, también se encuentra dentro de la capilla.
Capilla Capranica
La capilla también es conocida como la Capilla del Rosario. El techo de estuco fue realizado en 1573 por Marcello Venusti. La capilla contiene la tumba del cardenal Domenico Capranica por Andrea Bregno.
Capilla Aldobrandini
Giacomo della Porta diseñó la capilla Aldobrandini, pero Carlo Maderno completó el proyecto de della Porta (después de 1602). Fue consagrada en 1611. El lienzo que representa la Institución de la Eucaristía, fechado en 1594, es de Federico Fiori. El monumento a los guardianes del Papa Clemente VIII, Salvestro Aldobrandini y Luisa Dati, es de Giacomo della Porta. La primera Cofradía del Santísimo Sacramento en ser aprobada por la Santa Sede se estableció en esta capilla, con San Ignacio de Loyola como uno de sus primeros miembros.
Esta capilla contiene el retablo de Federico Barocci que representa la Comunión de los Apóstoles.
Capilla de Raimundo de Peñafort
La capilla dedicada a Raimundo de Peñafort alberga la tumba del cardenal Juan Díaz de Coca, realizada por Andrea Bregno. El fresco del techo Jesús Cristo como Juez, entre dos ángeles, es de Melozzo da Forlì.
